» Методы исследования вирусной резистентности

Методы исследования вирусной резистентности

Методы исследования вирусной резистентности

Cуществует два метода: генотипирование и фенотипирование. Их сравнение приведено в таблице 2.9 (J Antimicrob Chemother 2004; 53:555).

Генотипирование.

Исследование генотипа вируса выявляет мутации, лежащие в основе фенотипической резистентности. Тестирование можно проводить с помощью готовых диагностических наборов (тест-систем) или полностью силами лаборатории. При проведении генотипирования одинаковых образцов с помощью двух тест-систем в одной и той же лаборатории результаты совпадали в 98% случаев (Antivir Ther 2000; 5 suppl 4:60; Antivir Ther 2000; suppl 3:53). По результатам другого исследования, частота ложноположительных результатов составила 0,3%, а ложноотрицательных — 6,4% (Antivir Ther 2001; 6 suppl 1:1). Методики генотипирования значительно отличаются по стоимости, количеству выявляемых мутаций, форме представления результатов и методике их интерпретации. Генотипирование включает следующие этапы: 1) ампли- фикацию гена обратной транскриптазы (ОТ) и гена протеазы методом ОТ-ПЦР; 2) секвенирование ампликонов ДНК, полученных от доминантных штаммов ВИЧ (выявляются только те мутации, которые есть у более 20% вирионов, присутствующих в плазме); 3) регистрацию мутаций для каждого гена с использованием стандарта «буква-число-буква», в котором первая буква означает аминокислоту, соответствующую данному кодону у вируса дикого типа, число — это номер кодона, а последняя буква — аминокислота, которая соответствует мутировавшему кодону. Таким образом, мутация гена обратной транскриптазы К103N означает, что последовательность нуклеотидов в кодоне 103 после мутации соответствует не лизину (К), как у вируса дикого типа, а аспарагину (N). В таблице 2.9 (стр. 35) приведены буквенные коды для всех аминокислот, используемые для описания мутаций при генотипировании. Для составления заключений по результатам генотипирования используют списки известных мутаций резистентности или компьютерные алгоритмы, основанные на наборах правил. Обновленную информацию, касающуюся проведения тестов на резистентность, можно найти на сайтах http://www.iasusa.org и http://www.hivdb.stanford.edu/.

Фенотипирование.

При фенотипическом анализе оценивается способность ВИЧ к репликации при различных концентрациях лекарственных препаратов. Услуги по фенотипированию предлагают три коммерческие сети лабораторий; при сравнении результатов исследования одинаковых образцов, проведенных этими лабораториями, был установлен хороший уровень совпадения (конкордантности) результатов (Antivir Ther 2001; 6 suppl 1:129; Antivir Ther 2000; 5 suppl 3:49). Метод заключается в том, что гены обратной транскриптазы или протеазы, полученные путем амплификации из штамма ВИЧ, выделенного из крови пациента, встраивают в лабораторный штамм ВИЧ путем клонирования или рекомбинации. Оценивается скорость репликации вируса при разных концентрациях лекарственных препаратов и сравнивается со скоростью репликации вируса дикого типа (контроль). Эта методика похожа на классическое исследование микроорганизмов in vitro на чувствительность к антимикробным препаратам, когда микроорганизмы выращивают на средах, содержащих различные концентрации антимикробных препаратов. Чувствительность вируса к препарату оценивают по отношению IC50 (концентрации препарата, которая подавляет репликацию вируса на 50%) исследуемого штамма к IC50 контрольного штамма (вируса дикого типа). Раньше о резистентности судили исходя из вариабельности показателей чувствительности штамма дикого типа при различных исследованиях, но в настоящее время для интерпретации применяются либо биологические пороговые значения, основанные на нормальном распределении вируса дикого типа у пациентов, не получавших АРТ, либо клинические пороговые значения (для все большего числа АРВ препаратов), основанные на данных клинических испытаний.

Виртуальное фенотипирование.

Это моделирование фенотипа исследуемого штамма на основании анализа генотипа. Из банка данных, содержащего более 55 000 изолятов ВИЧ, выбираются штаммы с таким же или сходным профилем мутаций, и на основании результатов их фенотипирования делаются выводы о фенотипе исследуемого штамма. Приблизительно в 20% случаев результат получить не удается из-за отсутствия в банке данных достаточного количества пар «генотипфенотип», необходимых для виртуального фенотипирования исследуемого штамма (Antivir Therapy 2003; 8:S103).

Относительные преимущества каждого метода.

Перед началом АРТ и в случаях рано обнаруживаемой вирусологической неэффективности назначенной схемы АРТ предпочтительнее выполнять генотипирование, поскольку на этих стадиях генотипы вирусов легче интерпретировать, генотипирование обладает большей чувствительностью в отношении обнаружения мутантных штаммов в смешанной популяции, содержащей значительное количество ВИЧ дикого типа, которая может присутствовать в крови пациентов, ранее не получавших АРТ. Кроме того, по данным клинических исследований, схемы, подобранные с учетом результатов генотипирования, превосходили схемы, назначенные в соответствии со стандартными рекомендациями (GART [AIDS 2000; 14:F83], VIRADAPT [Lancet 1999; 353:2195]; HAVANA [AIDS 2002; 16:209]), а также схемы, подобранные с учетом результатов фенотипирования (REALVIRFEN [Antivir Ther 2003; 8:577]; NARVAL [Antivir Ther 2003; 8:427]). Генотипирование — более дешевый метод и, по-видимому, его применение в случаях вирусологической неэффективности первой или второй схемы АРТ экономически оправдано (Ann Intern Med 2001; 134:440; J Acquir Immune Defic Syndr 2000; 24:227). Пациентам с множественной резистентностью вируса к АРВ препаратам после вирусологической неэффективности нескольких схем терапии, по-видимому, предпочтительнее проводить фенотипирование вируса, в том числе в качестве дополнения к результатам генотипирования (клинические исследования CERT [Clin Infect Dis 2004; 38:723] и TORO [N Engl J Med 2003; 348:2175]). При фенотипировании получают количественные показатели, что дает возможность сравнить относительную чувствительность и резистентность вируса. Фенотипирование позволяет оценить результат взаимного влияния мутаций друг на друга и, возможно, по этой причине его предпочтительнее использовать для оценки чувствительности вируса к новым препаратам, для которых еще не установлены все нуклеотидные последовательности, коррелирующие с резистентностью к ним.

Таблица 2.9. Сравнительная характеристика генотипирования и фенотипирования

Генотипирование
Преимущества Недостатки
  • Относительно низкая стоимость (300–480 долл. за тест)
  • Результаты готовы уже через 1–2 недели
  • Метод достаточно стандартизован
  • Хорошая воспроизводимость результатов
  • Возможность виртуального фенотипирования*
  • Метод более чувствителен в отношении формирующейся резистентности (при наличии смешанной популяции вируса)
  • В ходе сравнительных исследований было установлено преимущество схем АРТ, подобранных с учетом генотипиро- вания пациентам с вирусологической неэффективностью первой или второй схемы терапии
  • Выявляет резистентность только у преобладающих штаммов (>20%)
  • Для интерпретации результатов требуется специальная подготовка
  • Результат зависит от квалификации лаборанта
  • Алгоритм исследования может быть неполным, особенно в отношении новых препаратов
  • Результаты генотипирования могут не совпадать с фенотипическими свойствами вируса
  • Для проведения исследования вирусная нагрузка должна превышать 500–1000 копий/мл
  • Ограниченные данные по не-В-подтипам ВИЧ
Фенотипирование
Преимущества Недостатки
  • Интерпретировать результаты проще и привычнее
  • Оценивается суммарный эффект мутаций и их взаимодействий
  • Не нужно знать, какие изменения генома обеспечивают резистентность (преимущество при выявлении резистентности к новым препаратам)
  • Хорошая воспроизводимость результатов
  • Превосходит генотипирование при наличии множественных мутаций
  • Дает количественную оценку чувствительности к препаратам
  • Высокая стоимость (обычно 800–1000 долл.) Возмещение расходов может быть ограничено
  • Для получения результатов требуется больше времени, чем при проведении генотипирования
  • Пороговые значения чувствительности, определяемые на основании результатов клинических исследований, установлены не для всех препаратов; пороговые значения, установленные для ИП, при усилении ритонавиром справедливы не во всех случаях
  • Выявляет резистентность только к отдельным препаратам, но не к комбинациям
  • Выявляет резистентность только у преобладающих штаммов (>20%)
  • Для проведения исследования вирусная нагрузка должна превышать 500–1000 копий/мл

* Виртуальное фенотипирование — быстрый, простой и недорогой метод, который можно рассматривать как альтернативу фенотипированию; основной недостаток его состоит в том, что при отсутствии необходимой инфор- мации в банке данных провести виртуальное фенотипирование не представляется возможным.

Таблица 2.10. Буквенные обозначения аминокислот*
A Аланин I Изолейцин R Аргинин
C Цитозин K Лизин S Серин
E Глутаминовая кислота M Метионин V Валин
F Фенилаланин N Аспарагин W Триптофан
G Глицин P Пролин Y Тирозин
H Гистидин Q Глутамин    
* Однобуквенные коды, используемые для описания генотипов.

Таблица 2.11. Мутации резистентности (данные IAS-USA, с изменениями) (Top HIV Med 2006; 14:125–130). Обновления см. на сайте http://www.iasusa.org и в электронной базе данных мутаций резистентности ВИЧ к лекарственным препаратам Стэнфордского университета, расположенной на сайте http://hivdb.stanford.edu

Препарат Мутации* Примечания
Нуклеозидные и нуклеотидные ингибиторы обратной транскриптазы (НИОТ)
AZT 41L, 67N, 70R, 210W, 215Y/F, 219Q/E Мутации резистентности к аналогам тимидина (МРАТ); они снижают чувствительность ко всем НИОТ. МРАТ нечасто сочетаются с мутацией 65R. Наиболее часто встречающиеся МРАТ — 41L, 210W и 215Y, которые в наибольшей степени снижают чувствительность к НИОТ. Мутации 67N, 70R и 219Q/E также снижают чувствительность к НИОТ, но в меньшей степени. Мутации 184V, 65R и 74V увеличивают чувствительность вируса к AZT. МРАТ вызывают гиперчувствительность вируса к ННИОТ. Мутации 44D и 118I при наличии МРАТ усиливают резистентность к НИОТ.
d4T 41L, 67N, 70R, 210W, 215Y/F, 219Q/E, 75T/M/A В большинстве случаев резистентность к d4T обусловлена МРАТ (см. AZT). Мутации 75T/M/A, обеспечивающие резистентность только к d4T, встречаются нечасто.
3TC 65R, M184V/I Мутация 184V/I обеспечивает резистентность к 3TC высокого уровня и одновременно повышает чувствительность к AZT, d4T и TDF, однако этот эффект может не проявиться при наличии МРАТ. Эта мутация снижает чувствительность к ddl и ABC, однако при наличии у вируса только мутации M184V/I это снижение чувствительности не приводит к клинически значимым последствиям. На фоне приема 3TC не происходит селекции штаммов с мутациями 44D и 118I, но тем не менее эти мутации вызывают умеренную резистентность к 3TC.
FTC 65R, M184V/I Профиль резистентности идентичен или близок к ламивудину.
ddI 65R, 74V МРАТ обеспечивают резистентность к ddI. Мутации 74V и 65R как поодиночке, так и в сочетании с мутацией 184V/I вызывают резистентность к ddI и перекрестную резистентность к ABC (74V, 65R) и TDF (65R).
ABC 65R, 74V, 115F,184V Резистентность зависит от количества МРАТ и их сочетания. Мутация 184V/I сама по себе не вызывает клинически значимой резистентности к ABC, но усугубляет снижение чувствительности, обусловленное МРАТ или специфическими мутациями резистентности к ABC.
Нуклеозидные и нуклеотидные ингибиторы обратной транскриптазы (НИОТ)
TDF 65R, 70E Снижение чувствительности наблюдается при наличии мутации 65R или ?3 МРАТ, включающих мутации 41L и 210W. Мутация 184V/I повышает чувствительность вируса к TDF, частично уменьшая влияние мутаций 65R или МРАТ. Мутация 70E, также снижающая чувствительность к TDF, обнаруживается нечасто.
Полирезистентность к НИОТ — комплекс Q151M 151M плюс 62V, 75I, 77L, 116Y, Возникает нечасто на фоне приема схем АРТ, содержащих 3TC или FTC. Может сочетаться с МРАТ. «Комплекс мутаций 151M» обеспечивает резистентность высокого уровня к AZT, d4T, ABC, и ddI, резистентность среднего уровня к TDF и резистентность низкого уровня к 3TC и FTC.
Полирезистентность к НИОТ — инсерция T69 Инсерция 69 Возникает нечасто на фоне приема схем АРТ, содержащих 3TC или FTC. Обычно сочетается с МРАТ, обеспечивая резистентность высокого уровня ко всем НИОТ, включая TDF.
Полирезистентность к НИОТ — множественные МРАТ 41L, 67N, 70R, 210W, 215Y/F, 219Q/E Наиболее частая причина полирезистентности к нуклеозидным аналогам. Селекция МРАТ происходит только на фоне приема AZT и d4T. Мутации 44D и 118I дополнительно усиливают резистентность к НИОТ.
Ненуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы (ННИОТ)
NVP 100I, 103N, 106A/M, 108I, 181C/I, 188C/L/H, 190A При лечении невирапином (не в сочетании с зидовудином) чаще всего появляется мутация 181C; при лечении зидовудином и невирапином чаще всего возникает мутация 103N. Мутации 103N, 106M, 188L/C обеспечивают резистентность к NVP высокого уровня. Мутация 188H вызывает резистентность к NVP низкого уровня.
DLV 103N, 106M, 181C, 188L, 236L Некоторые мутации резистентности к ННИОТ (190A/S, 225) снижают чувствительность к NVP и EFV, но при этом вызывают повышение чувствительности к DLV (см. таблицу 2.13); клиниче- ская значимость этого феномена неясна.
EFV 100I, 103N, 106M, 108I, 181C/I, 188L, 190S/A, 225H На фоне лечения эфавирензом чаще всего закрепляется мутация 103N, которая вызывает резистентность к ННИОТ высокого уровня. Мутации 188L и 106M также обеспечивают резистентность к EFV высокого уровня. Хотя мутация 181C (и некоторые другие мутации резистентности к ННИОТ) обеспечивают фенотипическую резистентность к EFV лишь низкого уровня, необходимо помнить, что не преобладающие в популяции на момент исследования штаммы вируса могут обладать другими мутациями резистентности к ННИОТ.

* Деление мутаций на первичные и вторичные для НИОТ и ННИОТ было отменено экспертным комитетом IASUSA; такая классификация мутаций оставлена для ИП, но теперь мутации подразделяются на основные («большие») и второстепенные («малые»).

Препарат Основные («большие») мутации†* Второстепенные («малые») мутации‡ Примечания
Ингибиторы протеазы (ИП)
IDV/r 46IL, 82A/F/T, 84V 10I/R/V, 20M/R, 24I, 32I, 35I, 54V, 71V/T, 73S/A, 77I, 90M Для развития резистентности к не усиленному ритонавиром IDV (т. е снижения чувствительности более чем в 4 раза по сравнению с вирусом дикого типа) требуется как минимум 3 мутации.
NFV 30N, 90M 10F/I, 36I, 46I/L, 71V/T, 77I, 82A/F/T/S, 84V, 88D/S 30N – самая распространенная мутация; она не вызывает перекрестной резистентности к ИП. У некоторых пациентов (особенно инфицированных не-В-подтипом ВИЧ) обнаруживается мутация 90M, которая обеспечивает перекрестную резистентность к ИП более высокого уровня.
SQV/r 48V, 90M 10I/R/V, 24I, 54L/V, 62V, 71V/T, 73S, 77I, 82A/F/T/S, 84V Первой возникает мутация 90M, затем 48V. Мутация 48V отвечает только за резистентность к саквинавиру, а мутация 90M вызывает перекрестную резистентность. Установлено, что при усилении саквинавира ритонавиром частота закрепления мутаций резистентности к ИП у пациентов, ранее не получавших ИП, снижается.
FPV/r 50V, 84V 10F/I/R/V, 32I, 46I/L, 47V, 54L/V/M, 73S, 82A/F/T/S, 90M Мутация 56V вызывает перекрестную резистентность к LPV. Мутации 50V, 84V, 32I, 54L/M и 47V снижают чувствительность к DRV. Мутации 10V, 47V, 54M и 84V снижают чувствительность к TPV. Данные получены при применении FPV/r (а не FPV) у пациентов, ранее не получавших ИП.
LPV/r 32I, 47V/A,82A/F/T/S 10F/I/R/V, 20M/R, 24I, 33F, 46I/L, 50V, 53L, 54V/L/A/M/T/S, 63P, 71V/T, 73S, 84V, 90M У большинства пациентов с вирусологической неэффективностью LPV/r-содержащей схемы АРТ, как первой ИП-содержащей схемы терапии, мутаций резистентности к ИП у вируса не обнаруживается. Мутация 47A обеспечивает резистентность к LPV умеренного или высокого уровня.
TPV/r 33F, 82L/T, 84V 10V, 13V, 20M/R, 35G, 36I, 43T, 46L, 47V, 54A/M/V, 58E, 69K, 74P, 83D, 90M Самый высокий вирусологический ответ наблюда- ется при наличии 0–1 мутации резистентности к TPV. При наличии 2–7 мутаций наблюдается промежуточный ответ.
DRV/r 50V, 54M/L, 76V, 84V 11I, 32I, 33F, 47V, 50V, 73S, 89V Уменьшение вирусологического ответа при увеличении количества мутаций резистентности к DRV; при наличии трех и более мутаций наблюдается недостаточный вирусологический ответ.
ATV или ATV/r 50L, 84V, 88S 10I/F/V/C, 16E, 20R/M/I/T/V, 24I, 32I, 33I/F/V, 36I/L/V, 46I/L, 48V, 53L/Y, 54L/V/M/T/A, 60E, 62V, 64I/M/V, 71V/I/T/L, 73C/S/T/A, 82A/T/F/I, 85V, 90M, 93L/M Мутация 50L не вызывает перекрестной резистентности к ИП; возможно, она даже способствует повышению чувствительности вируса к остальным ИП. Снижение противовирусного действия препарата in vivo происходит при наличии ?3 мутаций из следующего перечня: 10F/V/I, 16E, 33F/I/V, 46I/L, 60E, 84V, 85V.
Ингибиторы слияния
Энфувиртид (Т20)   36D/S, 37V, 38A/M/E, 39R, 40H, 42T, 43D На чувствительность к препарату могут влиять мутации в других участках генома, кодирующих белки оболочки вируса.

† Основные («большие») мутации появляются первыми или уменьшают связывание лекарственных препаратов с ферментом или снижают репликативную способность вируса; они изменяют фенотипические резистентные свойства вируса.
‡ Второстепенные («малые») мутации появляются позже и сами по себе существенно не влияют на фенотипическую резистентность.

Таблица 2.12. Категории мутаций резистентности к нуклеозидным и нуклеотидным аналогам

Категория мутаций Мутация Примечания
Мутации резистентности к аналогам тимидина (МРАТ) M41L, D67N/G, K70R, L210W, T215F/Y, K219E/Q/N Закрепляются на фоне приема аналогов тимидина (AZT, d4T), но вызывают резистентность ко всем НИОТ. Комбинация мутаций 41L/210W/215Y встречается чаще и вызывает резистентность к НИОТ более высокого уровня, чем комбинация 67N/70R/219. Обнаружение мутаций T215C/D/E/S/I/V, как правило, указывает на то, что штамм, первоначально резистентный к НИОТ, мутирует обратно. Эти мутации сами по себе не вызывают резистентность, но могут указывать на наличие резистентного штамма.
Дополнительные мутации E44D, V118I Усиливают резистентность к НИОТ в сочетании с несколькими МРАТ.
Мутация резистентности к нуклеозидным аналогам, не относящаяся к МРАТ K65R Закрепляется на фоне приема TDF, ABC, ddI. Приводит к снижению чувствительности различной степени к этим препаратам и к 3TC/FTC, однако вызывает гиперчувствительность к AZT. Редко встречается на фоне терапии, включающей AZT, а также в сочетании с МРАТ. Чувствительность к d4T сохраняется, хотя на фоне приема d4T мутация может закрепиться. Закрепление мутации на фоне приема TDF/FTC происходит реже, чем на фоне приема TDF/3TC.
Мутация резистентности к нуклеозидным аналогам, не относящаяся к МРАТ L74V Закрепляется на фоне приема ABC и ddI. (На фоне терапии, содержащей ABC/3TC, L74V встречается чаще, чем K65R.) Приводит к снижению чувствительности различной степени к ABC и ddI, однако вызывает гиперчувствительность к AZT и TDF. Редко встречается на фоне терапии, включающей AZT, а также в сочетании с МРАТ.
Мутация резистентности к 3TC/FTC M184V/I Закрепляется на фоне приема 3TC и FTC. Вызывает резистентность высокого уровня к обоим препаратам и небольшое снижение чувствительности к ABC и ddI (клинически незначимое в отсутствие других мутаций резистентности). Повышает чувствительность к AZT, d4T, TDF. Замедляет процесс селекции МРАТ при приеме схем, содержащих аналоги тимидина.
Мутации полирезистентности к нуклеозидным аналогам Инсерция T69 Закрепляется на фоне приема аналогов тимидина, особенно если схема терапии содержит 3TC или FTC; в эпоху ВААРТ встречаются редко. Вызывают резистентность высокого уровня ко всем НИОТ, включая TDF.
Мутации полирезистентности к нуклеозидным аналогам Комплекс Q151M Закрепляются на фоне приема аналогов тимидина, особенно если схема терапии содержит 3TC или FTC; в эпоху ВААРТ встречаются редко. Вызывают резистентность высокого уровня ко всем НИОТ при наличии также мутаций V75I, F77L, F116Y. Противовирусная активность TDF может сохраняться.
Мутация резистентности к d4T V75T/M/A Закрепляется при инкубации с d4T in vitro и приводит к снижению чувствительности к d4T, но редко возникает при клиническом применении d4T.
Мутация резистентности к ABC Y115F Закрепляется на фоне приема ABC; мутация вызывает снижение чувствительности к ABC приблизительно в 3 раза.

Таблица 2.13. Мутации резистентности к ненуклеозидным аналогам ингибиторов обратной транскриптазы (ННИОТ)

Мутация Описание
A98G Закрепляется на фоне приема NVP (нечасто); приводит к минимальному снижению чувствительности к NVP.
L100I Обычно обнаруживается в сочетании с K103N; усиливает резистентность к ННИОТ, особенно к EFV и DLV. Повышает чувствительность к AZT и TDF.
K101E/P K101E закрепляется на фоне приема NVP и EFV (нечасто); приводит к появлению резистентности к ННИОТ низкого уровня, в наибольшей степени к NVP. K101P обеспечивает резистентность к ННИОТ среднего уровня.
K103N/S/R K103N часто закрепляется на фоне приема любых ННИОТ; обеспечивает резистентность высокого уровня к ННИОТ. K103S встречается реже; обеспечивает резистентность низкого уровня к DLV и EFV и умеренную резистентность к NVP. K103R — полиморфизм, минимально влияющий на чувствительность к ННИОТ, если не сочетается с V179D.
V106M/A V106M закрепляется на фоне приема NVP (часто встречается у ВИЧ подтипа C); обеспечивает резистентность к NVP/EFV и резистентность среднего уровня к DLV. V106A закрепляется на фоне приема NVP (нечасто); обеспечивает резистентность высокого уровня к NVP, среднего уровня к DLV и низкого уровня к EFV. V106I — полиморфизм, не вызывающий резистентности к ННИОТ.
V108I Закрепляется на фоне приема NVP и EFV (нечасто); минимально снижает чувствительность к ННИОТ.
V179D/E Закрепляются на фоне приема ННИОТ (нечасто); минимально снижают чувствительность к ННИОТ. Резистентные свойства повышаются при наличии комбинации V179D + K103R.
Y181C/I Закрепляются на фоне приема NVP и DLV, обеспечивая резистентность к обоим препаратам. Хотя эти мутации обеспечивают резистентность к EFV низкого уровня, клинический ответ на терапию EFV все же маловероятен, возможно, из-за присутствия субпопуляций вируса с другими мутациями резистентности к EFV. Повышают чувствительность к AZT и тенофовиру.
Y188L/H/C Y188L закрепляется на фоне приема NVP, DLV и EFV (нечасто), обеспечивая резистентность к NVP и EFV и резистентность низкого уровня к DLV. Y188C закрепляется на фоне приема NVP; обеспечивая резистентность высокого уровня к NVP и минимальную резистентность к EFV и DLV. Y188H обеспечивает резистентность к ННИОТ низкого уровня.
G190S/A/E/Q G190A закрепляется на фоне приема NVP и EFV; обеспечивая резистентность высокого уровня к NVP и среднего уровня к EFV. G190A/S вызывают гиперчувствительность к DLV. G190E/Q обеспечивают резистентность высокого уровня к EFV и NVP и среднего уровня к DLV. Клиническая значимость гиперчувствительности к DLV неизвестна; в субпопуляциях вируса могут присутствовать другие мутации резистентности к ННИОТ.
P225H Обычно встречается в сочетании с мутацией K103N; усиливает резистентность к ННИОТ. Вызывает гиперчувствительность к DLV.
F227L Иногда встречается в сочетании с V106A; усиливает резистентность к NVP.
M230L Закрепляется на фоне приема ННИОТ (нечасто); обеспечивает резистентность к ННИОТ от среднего до высокого уровня.
P236L Закрепляется на фоне приема DLV (нечасто); обеспечивает резистентность к DLV и повышает чувствительность к NVP.
K238T/N Закрепляются на фоне приема ННИОТ (нечасто), обычно в комбинации с K103N или другими мутациями резистентности к ННИОТ; усиливают резистентность к ННИОТ, особенно к NVP.
Y318F Закрепляется на фоне приема ННИОТ (нечасто); обеспечивает резистентность к DLV от среднего до высокого уровня.

Таблица 2.14. Мутации резистентности к ингибиторам протеазы (ИП)

Мутация Описание
L10I/F/R/V Второстепенные (дополнительные) мутации, усиливающие резистентность к ИП при наличии других мутаций резистентности к ИП. L10V повышает рези- стентность к TPV при наличии других мутаций резистентности к TPV.
I13V Повышает резистентность к TPV при наличии других мутаций резистентности к TPV.
K20R/I/M/T/V Дополнительные мутации (полиморфизмы), которые могут способствовать снижению чувствительности к ИП при наличии других мутаций резистентности к ИП. Мутации K20M/R/V повышают резистентность к TPV при наличии других мутаций резистентности к TPV.
L23I Редкая мутация; обеспечивает резистентность к NFV низкого уровня.
L24I/F L24I обеспечивает резистентность к ИП, особенно к IDV, в присутствии других мутаций резистентности к ИП. L24F — редкая мутация, ее влияние на чувствительность к ИП неизвестно.
D30N Первичная (основная) мутация резистентности к ИП, закрепление которой происходит только на фоне приема NFV, особенно если штамм вируса относится к подтипу B; обеспечивает резистентность к NFV среднего уровня; дальнейшее снижение чувствительности обеспечивают мутации N88D/S.
V32I Дополнительная мутация, обеспечивающая резистентность низкого уровня к IDV, RTV, APV, LPV.
L33F/I/V L33F снижает чувствительность к RTV, APV, LPV, ATV и TPV при наличии других мутаций резистентности к ИП. L33I/V — полиморфизмы, которые, по имеющимся данным, не снижают чувствительность вируса к препаратам.
E35G Повышает резистентность к TPV при наличии других мутаций резистентности к TPV.
M36I/V/L M36I/V — дополнительные мутации, которые способствуют снижению чувствительности к ИП при наличии других мутаций резистентности к ИП. M36I повышает резистентность к TPV при наличии других мутаций резистентности к TPV. M36L: влияние на чувствительность к ИП неизвестно.
K43T Повышает резистентность к TPV при наличии других мутаций резистентности к TPV.
M46I/L/V M46I/L — дополнительные мутации, которые способствуют снижению чувствительности к ИП при наличии других мутаций резистентности к ИП. M46L повышает резистентность к TPV при наличии других мутаций резистентности к TPV. M46V — редкая мутация с неизвестным влиянием на чувствительность к ИП.
I47A/V I47V при наличии других мутаций резистентности к ИП снижает чувствительность к APV, IDV, RTV, LPV, TPV. I47A обеспечивает резистентность к LPV от среднего до высокого уровня.
G48V/M G48V закрепляется на фоне приема SQV; обеспечивает резистентность к SQV среднего уровня и резистентность к другим ИП низкого уровня. G48M: влияние на чувствительность к ИП неизвестно.
I50V/L I50V закрепляется на фоне приема APV у пациентов, ранее не получавших ИП; обеспечивает резистентность к APV среднего уровня; резистентность к RTV, LPV от низкого до среднего уровня. I50L закрепляется на фоне приема ATV у пациентов, ранее не получавших ИП; обеспечивает резистентность к ATV от среднего до высокого уровня; чувствительность к другим ИП сохраняется или увеличивается.
F53L Повышает резистентность к ИП при наличии других мутаций резистентности к ИП.
I54V/M/L/T/S/A I54V повышает резистентность к ИП при наличии других мутаций резистентности к ИП. I54M/L закрепляются на фоне приема APV или FPV; обеспечивают резистентность от низкого до среднего уровня. I54T/S/A: влияние на чувствительность к ИП неизвестно. I54A/M/V повышают резистентность к TPV при наличии других мутаций резистентности к TPV.
Q58E Повышает резистентность к TPV при наличии других мутаций резистентности к TPV.
L63A/C/E/H/P/Q/R/S/T/V/I L63P — распространенный полиморфизм; повышает резистентность к ИП при наличии других мутаций резистентности к ИП. Прочие мутации: влияние на чувствительность к ИП неизвестно.
H69K Повышает резистентность к TPV при наличии других мутаций резистентности к TPV.
A71V/T/I A71V/T снижают чувствительность ко всем ИП при наличии других мутаций резистентности к ИП. A71I: влияние на чувствительность к ИП неизвестно.
G73S/C/T/A G73S/C/T усиливают резистентность к NFV, IDV, SQV и ATV при наличии других мутаций резистентности к ИП. G73A встречается нечасто.
T74P Повышает резистентность к TPV при наличии других мутаций резистентности к TPV.
L76V Снижает чувствительность к LPV в неизвестной степени.
V77I Полиморфизм, обеспечивает небольшое снижение чувствительности к NFV.
V82A/T/F/S/I/G/L V82A/T/F/S — первичные мутации резистентности к ИП, которые снижают чувствительность к LPV, IDV и RTV, а также к NFV, SQV, APV и ATV при наличии других мутаций резистентности к ИП. V82I — полиморфизм, минимально влияющий на чувствительность к ИП. V82M обнаруживается при инфекции штаммом подтипа G, снижает чувствительность к IDV. V82L/T усиливают резистентность к TPV при наличии других мутаций резистентности к TPV.
N83D Повышает резистентность к TPV при наличии других мутаций резистентности к TPV.
I84V/A/C I84V снижает чувствительность ко всем ИП: в наибольшей степени к APV, NFV и SQV, в наименьшей — к LPV. Повышает резистентность к TPV при наличии других мутаций резистентности к TPV. I84A/C: эффект близок к I84V, но эти варианты встречаются редко.
N88S/D N88D обеспечивает резистентность среднего уровня к NFV и резистентность низкого уровня к SQV и ATV. N88S обеспечивает резистентность среднего уровня к NFV и ATV, резистентность низкого уровня к IDV и гиперчувствительность к APV.
L90M Сама по себе вызывает резистентность среднего уровня к SQV и NFV и резистентность низкого уровня к другим ИП, за исключением TPV.
T91S Возникает при инкубации с LPV in vitro; влияние на чувствительность неизвестно.
I93L/M I93L — распространенный полиморфизм, повышающий резистентность к ИП при наличии других мутаций резистентности к ИП. I93M — мутация, возникающая на фоне терапии ИП, с неизвестным влиянием на чувствительность к ИП.

Таблица 2.15. Пороговые коэффициенты, установленные для методов фенотипирования и виртуального фенотипирования (VircoTYPE)

Пре-
парат
Monogram PhoneSense Virco Antivirogram Virco VircoTYPE
  НПК ВПК ОПК Б/К БПК НКПК ВКПК БПК
Нуклеозидные и нуклеотидные ингибиторы обратной транскриптазы
ABC 4,5 6,5   К 2,1 0,7 1,9  
ddI 1,3 2,2   К 2,3 0,9 2,6  
FTC     3,5 Б 3,7     3,5
3TC     3,5 К 2,1 1,0 3,4  
d4T     1,7 К 2,4 0,9 2,0  
TDF 1,4 4,0   К 2,5 0,9 2,1  
AZT     1,9 Б 2,7 1,2 9,6  
Ненуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы
DLV     6,2 Б        
NVP     3,0 Б 3,4     3,4
EFV     4,5 Б 5,5     5,5
Ингибиторы протеазы
APV           0,9 2,0  
APV/r           1,2 9,6  
ATV     2,2 К 2,4     2,4
ATV/r     5,2 К        
DRV/r 10,0 40,0   К 2,4      
FPV     2,0 Б 2,2     2,2
FPV/r 4,0 11,0   К        
IDV     2,1 Б 2,4 0,9 4,5  
IDV/r     10,0 К   10,6 40,1  
LPV/r 9,0 55,0   К 1,7 9,7 56,1  
NFV     3,6 Б 2,2 1,3 7,3  
RTV     2,5 Б        
SQV     1,7 Б 1,8      
SQV/r 2,3 12,0   К   7,1 26,5  
TPV/r 2,0 8,0   К 1,8 1,2 5,4  

НПК = нижний пороговый коэффициент
ВПК = верхний пороговый коэффициент
ОПК = одиночный пороговый коэффициент
Б = биологический
К = клинический
НКПК = нижний клинический пороговый коэффициент
ВКПК = верхний клинический пороговый коэффициент
БПК = биологический пороговый коэффициент

Источник: www.eurasiahealth.org

Напишите нам